Rosetta@home

L’elaborazione sul mio computer:

Rosetta@home è un progetto di calcolo distribuito per la previsione della struttura delle proteine sulla piattaforma BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), svolto al Baker laboratory all’Università di Washington. Rosetta@home si propone di prevedere le interazioni proteina-proteina e di progettare nuove proteine con l’aiuto di 373,024 volontari, 1,190,556 computer, per una potenza di calcolo totale di 278 TeraFLOPS in media (alla data del 29 dicembre 2015)[2]. Foldit, un videogioco di Rosetta@home, mira a raggiungere questi obiettivi con un approccio di “crowdsourcing”. Benché il grosso del progetto sia orientato verso la ricerca di base per migliorare la precisione e la robustezza dei metodi di proteomica, Rosetta@home fa anche ricerca applicata sulla malaria, la malattia di Alzheimer e altre patologie.[3]

Come tutti i progetti BOINC, Rosetta@home utilizza le potenzialità di elaborazione inutilizzate dai computer dei volontari, per eseguire calcoli su unità di lavoro individuali. I risultati ottenuti vengono inviati a un server centrale del progetto, dove vengono convalidati ed inseriti nelle banche dati del progetto. Il progetto è multi piattaforma, e gira su una vasta gamma di configurazioni hardware. Gli utenti possono vedere il progresso delle loro previsioni della struttura della proteina sullo screensaver di Rosetta@home

Rosetta@Home possiede anche una versione beta del progetto, Ralph@Home, in cui vengono testati i nuovi applicativi, le nuove impostazioni e tutto ciò che verrà poi introdotto nella versione definitiva sul progetto.

Oltre alla ricerca legata alle malattie, la rete di Rosetta@home funge da quadro di test per nuovi metodi di bioinformatica strutturale. Questi nuovi metodi sono poi utilizzati in altre applicazioni basate su Rosetta, come RosettaDock e il progetto Human Proteome Folding, dopo essere stati sufficientemente sviluppati e giudicati stabili sull’ampio e diversificato gruppo di utenti di Rosetta@home. Due prove particolarmente importanti per i nuovi metodi sviluppati con Rosetta@home sono il Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) e il Critical Assessment of Prediction of Interactions (CAPRI), esperimenti biennali che valutano rispettivamente lo stato dell’arte nella previsione della struttura delle proteine e dell’interazione proteina-proteina. Rosetta@home si classifica tra i principali programmi di simulazione delle interazioni tra proteine ed è uno dei migliori metodi di previsione della struttura terziaria disponibili.[4]

Da Wikipedia

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